Ο Ιωάννης Παπαφλωράτος γεννήθηκε το 1973. Εισήχθη μεταξύ των πρώτων στη Νομική Σχολή Κομοτηνής, το 1992. Κατά τη διάρκεια των σπουδών του, εργάστηκε ως ερευνητής στο Ελληνικό Ίδρυμα Αμυντικής και Εξωτερικής Πολιτικής (ΕΛ.Ι.ΑΜ.Ε.Π.) και η εργασία του υπό τον τίτλο "Οι αποφάσεις των διεθνών οργανισμών επί της Γιουγκοσλαβικής κρίσεως (ΟΗΕ, ΝΑΤΟ, Ευρωπαϊκή Ένωση, Δυτικοευρωπαϊκή Ένωση), 1991 - 1996" (η οποία εκπονήθηκε υπό την επίβλεψη του καθηγητή κ. Ιωάννη Βαληνάκη) εκδόθηκε υπό την μορφή Background Paper σε 4 τόμους για τις διπλωματικές μας υπηρεσίες. Το 1997, έλαβε το πτυχίο του και την ιδία χρονιά μετέβη στην Ολλανδία για μεταπτυχιακές σπουδές. Το 1998, απέκτησε μεταπτυχιακό τίτλο εξειδίκευσης στις Διεθνείς και Ευρωπαϊκές Σχέσεις από το Amsterdam School of International Relations. Το 1999, άρχισε την εκπόνηση της διεπιστημονικής διδακτορικής διατριβής του υπό την επίβλεψη του καθηγητή και ακαδημαϊκού κ. Κωνσταντίνου Σβολοπούλου. Το 2004, αναγορεύθηκε διδάκτωρ του Πανεπιστημίου Αθηνών με "άριστα". Κατόπιν, εργάστηκε ως ερευνητής στην Ακαδημία Αθηνών επί διετία. Τον Ιανουάριο του 2009, ανεδείχθη τακτικός εταίρος κατόπιν προτάσεως του Διοικητικού Συμβουλίου της "Εταιρείας των Φίλων του Λαού", ενός εκ των παλαιοτέρων επιστημονικών σωματείων, μη κερδοσκοπικού χαρακτήρος της Ελλάδος. Τον Σεπτέμβριο του 2009, υπήρξε διαλέκτης στο Πολυεθνικό Κέντρο Εκπαιδεύσεως Επιχειρήσεων Υποστηρίξεως Ειρήνης του ΝΑΤΟ. Σήμερα, διδάσκει στην Σχολή Εθνικής Αμύνης (Σ.ΕΘ.Α.), την Σχολή Εθνικής Ασφαλείας (Σ.Ε.Α.), την Σχολή Διοικήσεως Επιτελών Αεροπορίας και το Λαϊκό Πανεπιστήμιο, ενώ έχει διδάξει στην Σχολή Ικάρων, την Σχολή Μετεκπαιδεύσεως και Επιμορφώσεως της Ελληνικής Αστυνομίας (ΕΛ.ΑΣ.) και την Σχολή Νομικών Συμβούλων. Τον Δεκέμβριο του 2010, βραβεύθηκε από την Ακαδημία Αθηνών για το σύγγραμμά του υπό τον τίτλο "Η ελληνοϊταλική κρίση του 1923 - Το επεισόδιο Tellini/Κερκύρας". Είναι μέλος της "Εταιρείας Μελέτης Ελληνικής Ιστορίας", της "Εταιρείας Μελέτης Έργου Ιωάννη Καποδίστρια" και της "Ακαδημίας Στρατηγικών Αναλύσεων". Έχει συμμετάσχει ως ομιλητής σε 21 διεθνή και ελληνικά επιστημονικά συνέδρια και ημερίδες, καθώς και ως συγγραφέας σε 6 συλλογικά έργα. Έχουν ήδη εκδοθεί 11 βιβλία του, καθώς και περισσότερα από 230 άρθρα του σε εφημερίδες και περιοδικά.