Ένας από τους κυριότερους στόχους του Ιδρύματος Α. Γ. Λεβέντη είναι η συντήρηση και προβολή κυπριακών αρχαιοτήτων που βρίσκονται σε ξένα μουσεία. Αν και δεν είναι ιδιαίτερα γνωστό στο ευρύ κοινό, μια σημαντική συλλογή κυπριακών αρχαιοτήτων υπάρχει και στο Εθνικό Αρχαιολογικό Μουσείο στην Αθήνα. Περιλαμβάνει 850 περίπου αντικείμενα, από τα οποία αρκετά δώρισαν διάφοροι συλλέκτες στα τέλη του 19ου και τις αρχές του 20ού αιώνα, ενώ άλλα είναι προϊόν προσφάτων κατασχέσεων ως αντικείμενα παράνομης κατοχής. Η "Κυπριακή Συλλογή του Εθνικού Αρχαιολογικού Μουσείου" είναι πλούσια σε γλυπτά, κεραμικά και τερρακόττες, που καλύπτουν σχεδόν ολόκληρο το εύρος της κυπριακής αρχαιολογίας. Το Ίδρυμα Α. Γ. Λεβέντη χρηματοδότησε τη φωτογράφηση των αντικειμένων και την έκδοση πολυτελούς καταλόγου.