Έτος 1204 μ.Χ.: τα στρατεύματα της Δ΄ Σταυροφορίας, που έχουν εισβάλει στη Βυζαντινή Αυτοκρατορία, καταλαμβάνουν και λεηλατούν την Κωνσταντινούπολη. Η Ελλάδα διαμελίζεται: στο χώρο του Αιγαίου σχηματίζονται νέα ελληνικά, φραγκικά και βενετσιάνικα κρατίδια. Τρία χρόνια αργότερα, ένα ετερόκλητο πλήθος από τυχοδιώκτες υπό τον Ενετό Μάρκο Σανούδο κυριεύει τη Νάξο καθώς και άλλα νησιά των Κυκλάδων. Έκτοτε το νησί της Αριάδνης θα γίνει η πρωτεύουσα του Δουκάτου του Αιγαίου ή του Αρχιπελάγους. Οι Ενετοί θα κυριαρχήσουν στη Νάξο για τρεισήμισι περίπου αιώνες εγκαθιδρύοντας ένα φεουδαλικό σύστημα, που θα ισχύσει μέχρι τις αρχές του 19ου αιώνα, με συνέπεια η εξουσία των απογόνων τους επί των εντοπίων να διατηρηθεί ουσιαστικά και μετά την κατάκτηση του νησιού από τους Τούρκους. Κατά το διάστημα αυτό η Νάξος θα βρεθεί στο στόχαστρο του βενετοτουρκικού ανταγωνισμού για κυριαρχία στο Αιγαίο, ενώ η έλευση και η δραστηριοποίηση Γάλλων κυρίως μισσιοναρίων στο νησί με την ανοχή των Οθωμανών θα ενισχύσει την ήδη ισχυρή δυτική παρουσία στις Κυκλάδες κατά τη διάρκεια της Τουρκοκρατίας. Σιωπηλοί μάρτυρες της λατινικής παρουσίας και κυριαρχίας στη Νάξο θα παραμείνουν τα μνημεία, που άφησαν οι κατακτητές πίσω τους: το Κάστρο της Χώρας και οι διάσπαρτοι σε όλο το νησί πύργοι.