Σε ηλικία 46 ετών τυφλώθηκε λόγω της υπερεντατικής μελέτης και έκτοτε υπαγόρευε τα έργα του. Το 1660 κατέρρευσαν οι Κοινοβουλευτικοί υπέρ των οποίων συνηγορούσε και παλινορθώθηκαν οι Στιούαρτς στο θρόνο της Αγγλίας. Ο Μίλτον αναγκάστηκε να αποσυρθεί από τα κοινά ενώ εν τω μεταξύ παντρεύτηκε για τρίτη φορά, μια γυναίκα κατά 31 χρόνια νεώτερή του. Το 1667 κυκλοφορεί την αποκορύφωση του λογοτεχνικού του τάλαντου, τον "Απολεσθέντα Παράδεισο" ("Paradise Lost") όπου περιγράφει την πτώση των Πρωτόπλαστων και την έξωσή τους από τον Παράδεισο, έπος σε δώδεκα βιβλία και σε στίχο ιαμβικό ανομοιοκατάληκτο. Πρόκειται για το έργο το οποίο του πρόσφερε μια θέση στο πάνθεον της παγκόσμιας λογοτεχνίας. Εν συνεχεία, κυκλοφόρησε στις 29 Μαϊου 1671 ένα ακόμη υψηλής ποιότητας έπος, τον "Ανακτηθέντα Παράδεισο" ("Paradise Regained") σε τέσσερα τώρα βιβλία. Στην ίδια έκδοση συμπεριλαμβανόταν και ο Σαμψών Αγωνιζόμενος (Samson Agonistes), και πάλι έμμετρο, ένα ακόμη κορυφαίο δημιούργημά του, με το οποίο θα ασχοληθούμε στο παρόν βιβλίο. Για την ακρίβεια ο ίδιος το χαρακτηρίζει ως closet drama, δηλαδή ως δράμα, θεατρικό έργο το οποίο προορίζεται κυρίως για ανάγνωση.