Το όνομά του είχε επί αιώνες διασυρθεί επρόκειτο, σύμφωνα με μια άποψη, περί νεστοριανού αιρετικού, αλλά σήμερα πολύ συχνά εξυμνείται ως πατέρας της νεότερης βιβλικής κριτικής. Το ενδιαφέρον για τον Θεόδωρο Μοψουεστίας και για το έργο του αυξάνεται συνεχώς κατά τα τελευταία 50 χρόνια, παρωθούμενο από την αποδοχή πολλών μεθόδων ερμηνείας εντός της Εκκλησίας και λόγω της ανακάλυψης χειρογράφων και αποσπασμάτων από τα έργα του.