Η τρίτη και σημαντικότερη περίοδος του ρεμπέτικου διαμορφώνεται κυρίως στη Θεσσαλονίκη επί γερμανικής κατοχής. Ο Τσιτσάνης κατά την περίοδο της κατοχής δημιούργησε μια ολόκληρη σχολή, τη σχολή της Θεσσαλονίκης. Ο ίδιος γράφει: Η κατοχή είναι η πιο συγκλονιστική περίοδος του λαϊκού τραγουδιού, και αυτή σημάδεψε και την καριέρα μου και την ιστορία της λαϊκής μουσικής. Η κατοχή υπήρξε η εποχή που έδωσα ό,τι καλύτερο είχα στην ψυχή μου, που έδωσα ό,τι πιο αληθινό βγήκε μέσα από τις τραγικές εκείνες συνθήκες. Η κατοχή, με δυό λόγια, είναι η καρδιά του λαϊκού τραγουδιού.