Η Μαίρη Λένοξ, ένα κακομαθημένο κορίτσι που γεννήθηκε στις Ινδίες από Άγγλους γονείς, μένει ορφανή στα εννιά της χρόνια και αναγκάζεται να πάει να μείνει στο αρχοντικό του παράξενου θείου της, στα βαλτοτόπια της βόρειας Αγγλίας. Η Μαίρη αρχίζει να κάνει μακρινούς περίπατους στους έρημους κήπους του αρχοντικού και μαθαίνει για κάποιον κήπο που μένει κλειδωμένος από τότε που πέθανε η γυναίκα του θείου της. Πιάνει φιλίες με έναν κοκκινολαίμη, μ έναν γέρο κηπουρό κι ένα παιδί της ηλικίας της, τον Ντίκον, που ξέρει όλα τα μυστικά της φύσης. Αλλά γίνεται φίλη και με τον Κόλιν, τον άρρωστο γιο του θείου της, που τον ανακαλύπτει σ ένα μυστικό δωμάτιο του αρχοντικού. Τα τρία παιδιά αποφασίζουν να βρουν τον μυστικό κήπο και να τον ξαναζωντανέψουν...