Αυτή είναι η ιστορία της Μαίρης Λένοξ, ενός στριμμένου και αντιπαθητικού κοριτσιού, που γεννήθηκε στις Ινδίες από Άγγλους γονείς, αλλά έμεινε ορφανή στα εννιά της χρόνια και αναγκάστηκε να πάει να μείνει στο αρχοντικό του παράξενου θείου της, στα βαλτοτόπια της βόρειας Αγγλίας. Η Μαίρη αρχίζει να κάνει μακρινούς περιπάτους στους έρημους κήπους του αρχοντικού και μαθαίνει για κάποιον κήπο που μένει κλειδωμένος από τότε που πέθανε η γυναίκα του θείου της. Πιάνει φιλίες με έναν κοκκινολαίμη, μ ένα γέρο κηπουρό κι ένα παιδί της ηλικίας της, τον Ντίκον, που ξέρει όλα τα μυστικά της φύσης και συνεννοείται με τα ζώα και τα πουλιά. Αλλά και με τον Κόλιν γίνεται φίλη, τον άρρωστο γιο του θείου της, που τον ανακαλύπτει σ ένα μυστικό δωμάτιο του αρχοντικού. Τα τρία παιδιά αποφασίζουν να βρουν το μυστικό κήπο και να τον ξαναζωντανέψουν. Ο μυστικός κήπος είναι ένας ύμνος για τη φύση, ένας ύμνος για τη ζωή!