Ο Θουκυδίδης γεννήθηκε στον αρχαίο δήμο Αλιμούντα (σημερινό Άλιμο, ανάμεσα στο Παλαιό Φάληρο και τον Άγιο Κοσμά) πιθανότατα μεταξύ 460 και 455 π.Χ. Ο πατέρας του λεγόταν Όλορος και κρατούσε το όνομα από τον ομώνυμο βασιλιά της Θράκης, τον πεθερό του Μιλτιάδη, του νικητή στο Μαραθώνα. Κληρονομιά απ' τον πατέρα ή προίκα απ' τη γυναίκα του είχε στη Θράκη χρυσωρυχεία που του εξασφάλιζαν πλούτο κι επιρροή στους ντόπιους. Πήρε τη μόρφωση που συνήθως έπαιρναν την εποχή αυτή οι περισσότεροι νέοι των αριστοκρατικών οικογενειών και θεωρείται πιθανόν ότι, εκτός από άλλους, άκουσε το φιλόσοφο Αναξαγόρα και το ρήτορα Αντιφώντα, έναν από τους πρώτους τεχνίτες του αττικού πεζού λόγου, κι απ' τους ηγέτες, αργότερα, του ολιγαρχικού πραξικοπήματος του 411 π.Χ. (βιβλ. 8ο κεφ. 68). Οι βιογραφίες του Θουκυδίδη που έχουν φτάσει ως εμάς, μια με το όνομα του Μαρκελλίνου (έζησε πιθ. τον 5. μ.Χ. αιώνα) κι άλλη κάποιου ανώνυμου γραμματικού (δεν ξέρουμε πότε ακριβώς έζησε) θεωρούνται μικρής ιστορικής αξίας. Τις αυθεντικότερες ειδήσεις για τον ιστορικό έχουμε από τον ίδιο στο έργο του, στις ευκαιριακές μνείες για το άτομό του (βιβλ. 1ο κεφ. 1, βιβλ. 2ο κεφ. 48), ιδιαίτερα στην εξιστόρηση των σχετικών με την άλωση της Αμφίπολης από τον Σπαρτιάτη Βρασίδα (ο Θουκυδίδης ήταν ο ένας από τους δυο Αθηναίους στρατηγούς που φρουρούσαν στην περιοχή) και στο λεγόμενο δεύτερο προοίμιο (βιβλ. 5ο κεφ. 25-26), όπου αναφέρει ότι για την απώλεια της Αμφίπολης έμεινε εξόριστος 20 χρόνια (424-404 π.Χ.), στα οποία είχε την ευκαιρία να βρεθεί ανάμεσα και στους αντιπάλους της πατρίδας του, καθώς κι ότι έζησε ως το τέλος του πολέμου. Τα χρόνια της εξορίας τα πέρασε στα χτήματά του στη Θράκη, αλλά και ταξιδεύοντας για συλλογή ή εξακρίβωση πληροφοριών. Γύρισε στην Αθήνα -τουλάχιστο για λίγο- ύστερα από την καταστροφή του 404. Πέθανε ξαφνικά -πιθανότατα από βίαιο θάνατο- λίγο ύστερα από το 404, άγνωστο πού, γι' αυτό κι η Ιστορία του σταματά απότομα.